法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条【支付经济补偿】
该条规定了用人单位应当向劳动者支付经济补偿的情形。其中，用人单位提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除的，用人单位应当支付经济补偿。这体现了劳动合同解除时用人单位的法定义务，而非随意附加条件。
《中华人民共和国劳动合同法》第四十八条【违法解除后果】
该条规定了用人单位违法解除或者终止劳动合同的法律后果，即劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；不要求继续履行的，用人单位应当支付赔偿金。这表明用人单位的解除行为必须合法，否则需承担相应责任。
《关于工资总额组成的规定》第四条【工资总额构成】
该条款明确将“奖金”列入工资总额的组成部分。这一定义在年终奖纠纷中尤为重要，因为年终奖通常被视为劳动报酬的一部分。
《关于工资总额组成的规定》若干具体范围的解释》第二条【奖金定义】
该解释进一步明确，“奖金”包括生产（业务）奖、节约奖、劳动竞赛奖等。这进一步确认了年终奖属于劳动报酬的性质。
案件情况分析
根据您描述的情况，公司规定“年终奖发放时必须在职”这一“潜规则”的法律效力，可以从以下几个方面进行分析：
- 年终奖的性质：年终奖属于工资总额的一部分，是用人单位对劳动者全年工作业绩的奖励，具有劳动报酬的性质。因此，其发放应遵循公平、合理的原则，不得随意附加不合理条件。
- “在职”条件的合法性：如果公司以“不在职”为由拒绝发放年终奖，需要判断该条件的设定是否合理、公平。例如，若劳动者因用人单位的原因（如违法解除劳动合同）导致“不在职”，则公司以此为由拒发年终奖可能构成不合理限制，涉嫌变相克扣工资。
- 用人单位的举证责任：在劳动争议中，用人单位对其主张负有举证责任。如果公司主张“年终奖发放时必须在职”的规定已明确告知劳动者，且该规定本身合法合理，则其拒发年终奖的行为可能被支持；反之，则可能被认定为违法。
- 司法实践的倾向：司法实践中，倾向于保护劳动者的合法权益。如果公司规定“年终奖发放时必须在职”的目的是为了规避支付年终奖的义务，特别是当劳动者因公司原因离职时，该规定可能被认定为无效。
结论与建议
结论：公司规定的“年终奖发放时必须在职”这一“潜规则”并不当然具有法律效力。其效力取决于该规定是否合理、公平，以及是否违反法律强制性规定。特别是当劳动者因公司原因离职时，该规定可能被认定为无效。
建议：
收集证据：保留好劳动合同、工资单、年终奖发放制度、离职证明等文件，以证明年终奖的存在及公司规定的具体内容。
沟通协商：首先与公司人力资源部门或上级进行沟通，明确年终奖的发放标准和条件，争取通过协商解决问题。
法律途径：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉举报，或依法申请劳动仲裁。仲裁时效为一年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。
专业咨询：在采取法律行动前，建议咨询专业律师，以便更好地评估自身情况并获得针对性指导。
综上所述，年终奖作为劳动报酬的一部分，其发放应遵循合法、公平、合理的原则。公司设定的“在职”条件如不合理，可能面临法律风险。
